A Atos, líder global em transformação digital, e a University College London (UCL) anunciam ter executado com sucesso a ferramenta de sequenciamento de vírus, Viridian, que é usada para detectar a mutação da cepa SARS-Cov-2 do Coronavírus, usando um processador com arquitetura ARM da Ampere Altra em um ambiente nativo de nuvem com a experiência de integração da Atos. Esta prova de conceito (PoC) foi coordenada pelo Centro de Excelência em Ciências da Vida pela Atos, que visa promover uma cultura de exploração, descoberta e cocriação para aproveitar o poder das tecnologias digitais para acelerar a descoberta e o desenvolvimento de fármacos.
Com a quantidade de dados crescendo exponencialmente e se tornando mais difíceis de processar pelos aplicativos já existentes, os cientistas confiam na computação de alto desempenho para processar e analisar rapidamente grandes quantidades de dados. A plataforma baseada em ARM Neoverse, o Ampere Altra, é dedicada a cargas de trabalho nativas da nuvem, o que significa que a simulação e os resultados podem ser alcançados não apenas no local, mas diretamente na nuvem, em qualquer tipo de plataforma HPC e de qualquer localidade.
Isso será ainda mais fácil com o uso do Nimbix Supercomputing Suite da Atos; oferecendo aos pesquisadores e cientistas soluções em nuvem flexíveis, escaláveis e fáceis de usar para fluxos de trabalho de computação intensiva.
Com cada vez mais laboratórios usando soluções baseadas em ARM, esse PoC bem-sucedido significa que agora eles poderão executar o Viridian em seus sistemas, permitindo que estudem fluxos de trabalho de ciências da vida e detectem várias mutações no genoma do SARS-CoV-2, para, em última análise, ajudar a combater o COVID-19.
Este trabalho combinou as habilidades de uma equipe de especialistas da Atos e especialistas em ARM com foco em otimizações de hardware e software, juntamente com uma equipe científica da UCL dedicada a aplicações científicas para esses casos de uso específicos. Essa colaboração permitiu a otimização de software e hardware neste esforço de co-design para atender às demandas de fluxos de trabalho genômicos impactantes e de ponta, que já são implantados em ambientes clínicos.
“Ser o líder europeu em HPC não é apenas fornecer a maioria dos sistemas para centros de HPC em termos de PetaFlops, mas também trabalhar em estreita colaboração com várias instituições europeias de pesquisa e científica para capacitar várias produções e simulações de dados cruciais diariamente. Este trabalho, sob a égide do Centro de Excelência em Ciências da Vida da Atos, demonstra que a colaboração entre a academia e a indústria por meio do poder da supercomputação está criando novos caminhos para avanços científicos”, afirma Emmanuel Le Rox, Diretor Global de HPC, IA e Quantum na Atos. “Hoje, mostramos mais uma vez a importância da computação híbrida para promover a inovação e fornecer aos cientistas aplicações tangíveis para as ciências da vida.”
“Este esforço de co-design entre ARM, Atos e UCL permitiu a otimização tanto do novo hardware ARM, quanto do software de genômica de ponta, fortalecendo ambos para aplicações de ciências da vida do mundo real. A colaboração com parceiros do setor demonstrou uma ideia-chave para o futuro dos aplicativos HPC, em que hardware e software são ajustados para desempenho em conjunto, em oposição ao software sendo continuamente atualizado para corresponder a novos lançamentos de hardware. Este trabalho foi realizado como parte do Centro de Excelência em Biomedicina Computacional (CompBioMed) e foi possível devido à ampla experiência interdisciplinar da CompBioMed”, finaliza Alex Wade, pesquisador associado da UCL. “A ARM e a Atos foram parceiros valiosos neste trabalho e esperamos que este trabalho leve a futuras colaborações e possa servir de modelo para outras atividades de codesign.”
