Atualmente, Wellington ocupa um cargo estratégico e que lhe confere proximidade e diálogo constante com o presidente. O SAJ tem, entre suas principais responsabilidades, a atribuição de fornecer assessoria e consultoria jurídica ao presidente na formulação dos atos e decisões proferidas por ele.
Conforme informações do O Globo, intgrantes do Congresso e do governo relataram à coluna que o nome do secretário atua nos bastidores em busca da vaga e que está conseguindo certo sucesso, pois Lula já sinalizou, em algumas conversas, que passou a analisá-lo como opção.
Ele já foi chefe do Ministério Público do Estado da Bahia entre 2010 e 2014. Wellington César chegou a ocupar o cargo de ministro da Justiça por pouco mais de dez dias no governo Dilma Roussef, mas decidiu retornar ao Ministério Público da Bahia .