O abrigo dado pelo pai ao filho ocorreu à revelia de Michelle, que considera excessiva a intromissão de Carlos na vida do casal. Foi naquele momento que a relação do casal chegou a seu pior momento, crise que só foi suavizada após Jair Bolsonaro passar mal e precisar ser internado às pressas, obrigado Michelle e Carlos a desarmar espíritos e ficarem juntos no hospital com o presidente. O vereador fez questão de ficar com o pai e a madrasta no Hospital Vila Star, em São Paulo.
Ao longo da campanha, a relação entre Carlos e Michelle Bolsonaro novamente se deteriorou. Carlos seguia tendo sua entrada no Palácio da Alvorada limitada, mas, como cabia a ele cuidar das redes sociais do pai, reclamava que isso atrapalhava seu trabalho. O vereador se licenciou da Câmara no Rio, passou a ficar a semana toda em Brasília, mas evitava, por ordem de Michelle, estar no Alvorada quando a primeira-dama estivesse lá.
Carlos não foi o primeiro filho de Bolsonaro cuja proximidade incomodou Michelle. Quando o filho do presidente com a advogada Ana Siqueira Valle, Jair Renan Bolsonaro, era adolescente, a hoje primeira-dama convenceu Bolsonaro a deixar o rapaz ir morar sozinho, para sair da residência do casal no Condomínio Vivendas da Barra, na Barra da Tijuca, Zona Oeste do Rio de Janeiro.
Conforme o ex-empregado da família Bolsonaro contou à coluna em 2021, Michelle se irritava com namoradas que Jair Renan queria levar para casa.
Carlos e Michelle Bolsonaro também não se seguem no Instagram.